La segunda vertiente fue la aparición de los misioneros católicos donde su principal cometido era expandir la evangelización y el alfabeto castellano entre la población aborigen. Ellos creían que si se enseñaban nuevos valores culturales podrían radicar las costumbres que tenían establecidos, formando escuelas eclesiásticas y seminarios para evangelizar según ellos a los indios.En el siglo XIX la guerra de independencia marco un relevante cambio en todos los aspectos de esa época. Los constantes conflictos entre los conservadores y los liberales provocaron un progreso en la educación. Los liberales formaron los Institutos de Ciencias y Artes, Primarias laicas y Escuelas Normales Lancasterianas; mientras que los conservadores se dedicaban a difundir una variedad de opciones educativa, donde no tenían lugar los indios. De estos dos proyectos tuvo más auge el proyecto liberal, también quiso excluir el termino “indio” de los documentos oficiales.
A finales del siglo se pretendía fortalecer un país fuerte y soberano, ampliando la industrialización y dejando a un lado la creación de escuelas. En la dictadura de Porfirio Díaz se modernizo tanto el sector industrial como el minero y la red ferroviaria.
La industrialización no hizo que incrementar más la economía, al contrario en las comunidades mas marginadas sufrieron las consecuencias de este cambio. Según este régimen y contando con el apoyo de Enrique Rebsamén era necesario clasificar y jerarquizar las escuelas para que tuvieran un progreso y mejor nivel de vida. Por ejemplo en Chiapas, que cuenta con un alto índice de indígenas, solo contarían con escuelas primarias de segunda y tercera clase, mientras que en la capital estarían las normales, los institutos de ciencias y artes y escuelas superiores.
Las malas condiciones en que se encontraban las escuelas de tercera clase eran inauditas, no contaban con ningún servicio, en pocas palabras estaban en pésimas condiciones, muchos las consideraban como mazmorras. Otro aspecto relevante era el pago que se le tenía que hacer a los preceptores y que corría a cargo de los indígenas o de ellos mismos.
También por causa de no haber suficientes maestros en las escuelas de tercer mundo, los contenidos, métodos y tiempos eran reducidos y adaptados a nuevas circunstancias. Los maestros encargados de estas escuelas planteaban reducir los programas y optar por el método arcaico, basado en una enseñanza reciproca para todos ya que eran demasiados alumnos.
Todas estas adaptaciones curriculares se justificaban en las dificultades de enseñanza del español, ya que para ellos les convenía más enseñar este idioma a tener que ellos aprender su dialecto.
Entre los siglos XIX y XX, se vivió una revolución política y paradigmática, ya que se quería formar el poder en el estado federal y fortalecer la educación homogénea. Pero la educación para los indígenas en el siglo XX tuvo un sin fin de contrariedades y dificultades.
Empezaremos por citar al político mexicano José Vasconcelos creador de la Secretaria de Educación Publica en 1921, aportando las primeras escuelas normales rurales y las misiones culturales. Cuenta con la colaboración de Manuel Gamio, quien propuso acciones legislativas donde apoyaban al indígena y quería que intervinieran más en la política, defendieran sus derechos y sobre todo respeto por su autonomía.Se vivía en un país donde las industrias estaban al mando de los extranjeros y el poder se centralizaba en iglesia católica y en los caciques y terratenientes. Para Sáenz era necesario empezar a educar a los indígenas, según esto para que se volvieran emprendedores, pero solo era para los propósitos de los que tenían el poder.
En las Bases Generales de la Educación Indígena se propuso incitar el bilingüismo para que estuvieran al par las lenguas nativas con el castellano para estimular el intercambio cultural reciproco.
Pero esto no fue suficiente porque al analizar el Programa para Abatir el Rezago Educativo (PARE), mostró las verdaderas condiciones en que trabajaban las escuelas rurales a finales del siglo XX. Sólo dos quintas partes de los niños que hablaban una lengua indígena sabían leer y escribir a los siete años y, de ellos, solo el 70% en edad escolar cursaba la primaria en comparación con el 87% a nivel nacional. Además, de cada cien hablantes en lengua indígena, aproximadamente 24 eran los que egresaban de este nivel educativo.
Los alumnos no asistían a las escuelas por falta de dinero o simplemente porque en su comunidad no contaban con una principalmente en los estados de Chiapas, Guerrero y Chihuahua. Como si esto fuera poco en 1994 surgió en Chiapas el movimiento Zapatista por la inconformidad ante los aspectos políticos.
Después de casi un siglo de indigenismo, las escuelas a las que asisten los indígenas se siguen caracterizando por:
*Ofrecer un servicio diferencial, paralelo y compensatorio.
*La escasez presupuestaria y la precariedad de sus instalaciones.
*La deficiente calificación profesional de los maestros.
*La operación de un currículo rudimentario enfocado a la enseñanza del castellano y que, en la mayoría de los casos, se desarrolla en grupos multigrado.
*La insuficiencia de material didáctico y la inexistencia de espacios colegiados que favorezcan la innovación y la sistematización de propuestas pedagógicas originales.
A finales del siglo XX se brindan programas compensatorios para que todos los indígenas reciban la misma educación que cualquier niño mexicano, una educación de calidad. Un ejemplo de este avance es el grupo étnico de los nahuas que auxiliaron para la escritura de su lengua nativa y así se pudieran realizar libros de texto.
En nuestros tiempos muchos alumnos indígenas que dominaban la lengua castellana acudían a escuelas convencionales; pero a pesar que recibían una mejor educación, perdían su derecho a ser respetados ya que convivían con alumnos y maestros con distinta personalidad, costumbres y culturas. Muchos pierden su identidad al negar sus orígenes por vergüenza.
Por último, el aumento de la migración de los indígenas a las ciudades mostró la carencia del subsistema de educación indígena para tener en cuenta las peticiones educativas de las poblaciones. A la fecha, la mayoría de los indígenas viven en ciudades donde no funciona el subsistema, participando en las escuelas urbanas y del currículo estándar.